يهتم القسم بتطوير السلالات المحلية من الأبقار و الضأن و الماعز و التي أثبتت بالتجارب العلمية و العملية مقدرتها الإنتاجية العالية و تم تصنيفها حسب منتجاتها كالآتي :-
أبقار اللبن :-
1/أبقار البطانة:والتي تعيش في مناطق شبه صحراويه بولايات الشمالية و نهر النيل و الخرطوم و البحر الأحمر و كسلا.

2/أبقار الكنانة :
و تعيش في المناخ الحار الرطب والسافنا الغنية كولايات الجزيرة و النيل الأبيض و سنار و النيل الأزرق.

3/أبقار الإيرشاي:
وتتواجد في ولايات البحر الأحمر وكسلا.

 أبقار اللحم:-

• تتمثل في الأبقار النيلية بالولايات الجنوبية أبقار البقارة في ولايتى كردفان و دارفور.

• الضأن:-

• الضأن الحمري في الولايات الغربية و الضأن الأبرق أو الأشقر في ولايات البحر الأحمر و الجزيرة.

نشاط قسم السلالات المحسنة:-
• يتمثل نشاط القسم في جمع المعلومات الإحصائية و الإنتاجية عن السلالات المحلية في مناطق تواجدها ميدانيا.
أبقار البطانة:-
• حيث قام قسم المسوحات بمسح شمل كل من الولاية الشمالية - ولاية نهر النيل - ولاية كسلا - ولاية القضارف - ولاية البحر الأحمر و منطقة البطانة لجمع المعلومات عن سلالة البطانة.
أبقار الكنانة:-
• كذلك قامت أتيام المسوحات بمسح كل من ولاية النيل الأبيض-ولاية النيل الأزرق-ولاية سنار و ولاية الجزيرة لجمع المعلومات عن سلالة أبقار الكنانة.
• سلالة أبقار الإيرشاى:-
• كذلك سوف يتم خلال هذه السنة انشاء الله مسح الولايات الشرقية بحثا عن أبقار الإيرشاي.
• أما أبقار اللحم في الولايات الغربية فسوف يبدأ مسحها بعد الإنتهاء من مسوحات أبقار اللبن إنشاء الله.
• كذلك من نشاطات القسم معرفة التركيب الوراثي و حفظ المكونات الوراثية.
• إنشاء مزرعة نموذجية كنواه لهذه السلالات بغرض المحافظة عليها و تسجيلها عالميا.